Va ser projectat per Emili Pou. El 18 d’octubre de 1859 comencen les obres adjudicades a D. Andrés Roses. Es va inaugurar el 30 de novembre de 1861, alhora que els fars de La Mola, Capdepera i Penjats (en la seva versió reformada). Inicialment disposava d’una òptica de 6è ordre procedent del far de Penjats i llum fixa blanca.

Alguns autors opinen que antigament s’encenien focs sobre la cima de l’illot per poder orientar els navegants; efectivament el nom de “Botafoc” quadra amb aquesta interpretació.

Té la particularitat de ser un dels pocs fars que, des del primer moment, va disposar els habitatges dels torrers en dues plantes, a causa de l’escassetat d’espai disponible per a la construcció. El 1910 es va substituir la primitiva llanterna de vidres plans i planta octogonal per una altra de vidres corbs i muntants verticals. També s’hi va col•locar una nova òptica de 4t ordre BBT per a llum fixa amb pantalles per produir una aparença lluminosa d’ocultacions cada 20’’, les quals poden contemplar-se actualment a l’Exposició de Senyals Marítims del far de Portopí. Aquest mateix any de 1910 la torre va ser recreada.

És un dels primers fars que va adaptar el seu sistema d’enllumenat per a l’electrificació, cosa que va ocórrer el mes de juliol de 1918. Aquest mateix any es van electrificar els fars de la Creu, Cap Gros, Ciutadella, Maó i Portopí. Com que inicialment aquest far estava situat en un illot, disposava d’un servei de llanxa per al subministrament de queviures i transport dels torrers, fet que va estar anul•lat quan va quedar més tard comunicat mitjançant un dic amb camí.

Durant la Guerra Civil un bombardeig sobre un vaixell alemany, fondejat a les proximitats del far, va provocar alguns desperfectes a l’edifici. L’aparença lluminosa del far disposa d’un sector vermell per abalisar els illots de Malvins i Esponja.